Sepúlveda Robles, Daniel Eduardo - Índices - Diseño de una aplicación para la simulación del Acoplamiento Molecular -Proteína-Ligando- Mediante Herramientas Basadas en Java Reportar como inadecuado




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Sepúlveda Robles, Daniel Eduardo - Índices - Diseño de una aplicación para la simulación del Acoplamiento Molecular -Proteína-Ligando- Mediante Herramientas Basadas en Java -- Maestría en Ciencias de la Computación. - Departamento de Computación, Electrónica y Mecatrónica. - Escuela de Ingeniería, - Universidad de las Américas


Introducción



INDICE TEMA PÁGINA Capitulo 1.
Resumen 1 Capitulo 2.
Introducción 3 Capitulo 3.
Objetivos 6 Materiales y Métodos Capitulo 4.
Antecedentes 7 10 El problema del Acoplamiento Molecular 10 Implementaciones que existen para Acoplamiento Molecular 11 AutoDock 12 Gold 12 FlexX 12 DOCK e ICM 13 Algunas aplicaciones de acoplamiento en el diseño de fármacos 13 Algunos de los impactos del SW de acoplamiento 13 Tipos de Acoplamiento Molecular 14 Definición del problema 15 El principio detrás del acoplamiento 16 Tipos de interacciones 18 o Proteína-proteína 18 o Receptor-ligando 18 o Ligando rígido con un receptor flexible 18 o Ligando flexible con un receptor rígido 19 Problemas de acoplamiento 19 Aplicaciones que tiene el Acoplamiento Molecular 19 Técnicas computacionales para hacer Acoplamiento Molecular 20 o Dinámicas moleculares 20 o Métodos de Monte Carlo 20 o Algoritmos Genéticos 21 o Métodos basados en fragmentos 21 o Métodos de punto complementario 22 o Métodos de distancia geométrica 22 o Búsquedas Tabú 23 o Búsquedas sistemáticas 23 La función de puntuación en el Acoplamiento Molecular 23 Métodos usuales en la evaluación de la energía libre de enlace 24 Calculo para la entropía 25 Papel de las moléculas de agua 25 La flexibilidad de la proteína 25 Muestreo heurístico 26 Evaluación comparativa de los puntos de referencia 26 EL protein data bank (PDB) 27 o Historia 27 o Crecimiento 28 Capitulo 5.
Desarrollo 29 El proceso del Acoplamiento Molecular 29 Aspectos del Acoplamiento Molecular 31 Algoritmos de Búsqueda 31 Grid 31 Funciones de puntuación 31 Force Fields 32 Aspectos que se deben considerar durante la realización de un programa de Acoplamiento Molecular 32 o Trabajo con la molécula Receptor 32 o Trabajo con la molécula ligando 33 o Función de Energía 34 Formula implementada en molUDLAP 35 Calibración de la formula impl...






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