AskOmics : Intégration et interrogation de réseaux de régulation génomique et post-génomiqueReportar como inadecuado




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* Corresponding author 1 PEGASE - Physiologie, Environnement et Génétique pour l-Animal et les Systèmes d-Elevage Rennes 2 Dyliss - Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE 3 SED Rennes - Service Expérimentation et Développement 4 Plateforme bioinformatique GenOuest Rennes IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, UR1 - Université de Rennes 1, Biogenouest, Inria Rennes – Bretagne Atlantique 5 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE 6 IGEPP - Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes

Résumé : Les études génomiques et post-génomiques génèrent de nombreuses données d-expression de plu-sieurs types d-ARN messagers, micro, pi et lnc ainsi que des informations sur la présence de marques épigé-nétiques méthylation des histones, méthylation de l-ADN, accessibilité. L-identification des interactions entre ces différents acteurs biologiques par les biologistes à partir des fichiers tabulés contenant les données brutes est une tâche longue et difficile. AskOmics est un nouvel outil générique en cours de développement capable d-intégrer les données contenues dans des fichiers tabulés dans une base de données RDF, et de permettre aux biologistes de construire visuellement leurs requêtes sans avoir besoin de connaître la structure de la base de données ni de maitriser un langage de requêtes.

Mots-clés : RDF intégration données omiques post-génomique interrogation





Autor: Charles Bettembourg - Olivier Dameron - Anthony Bretaudeau - Fabrice Legeai -

Fuente: https://hal.archives-ouvertes.fr/



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