en fr An algorithmic game-theory approach for the prediction of the 3D structure of RNA Méthodes de théorie des jeux pour la prédiction de la structure 3D de lARN Reportar como inadecuado




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1 PRISM - Parallélisme, Réseaux, Systèmes, Modélisation

Abstract : This thesis describes a method to predict the tertiary structure of RNA molecules from their sequences. It relies on the observation that their folding is hierarchical and modular; it consists, first, in the extraction of those modules the helices and junctions between helices and their classification in topological families, then, in, an optimisation step to combine all those autonomous modules into a folded and stable molecule. This folding relies on an algorithmic approach to game theory. We present a modelisation of the folding process as a game, a cost function associated to that game, and several heuristics to search for Nash equilibrium.

Résumé : L-objectif de cette thèse est la prédiction de la structure tertiaire des molécules d-ARN à partir de leurs séquences. L-approche présentée repose sur l-observation que leur repliement est hiérarchique et modulaire ; elle consiste, dans un premier temps, en l-extraction de ces modules les hélices et jonctions entre hélices et en leur classification en familles topologiques puis, dans un second temps, en une étape d-optimisation pour réunir chacun de ces modules autonomes en une molécule repliée sur elle-même et stable. Ce repliement repose sur une approche algorithmique de la théorie des jeux. Nous présentons une modélisation du repliement comme un jeu, une fonction de coût associée, et plusieurs heuristiques de recherche d-équilibre de Nash.

Mots-clés : théorie des jeux prédiction de structure arn





Autor: Alexis Lamiable -

Fuente: https://hal.archives-ouvertes.fr/



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