en fr Genomic study of Otx2 transcription factor functions in the adult mouse retina Étude génomique des fonctions du facteur de transcription Otx2 dans la rétine de souris adulte Reportar como inadecuado




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1 IBV - Institut de Biologie Valrose

Abstract : In the present work, we study the Otx2 transcription factor as a model to understand how developmental genes achieve multiple functions throughout time. Otx2 is first implied in gastrulation, and then participates to the development of the eye, the olfactory system, the pineal gland, the thalamus and the craniofacial region. Otx2 is expressed in two distinct tissues: retinal pigmented epithelium RPE and neural retina including photoreceptors. Global Otx2 gene ablation leads to exclusive photoreceptor degeneration although most of the affected genes are RPE specific. These elements suggest a non-cell-autonomous mechanism, confirmed by RPE restricted gain and loss of function. To understand Otx2 functions in the neural retina and in the RPE, a large scale study of its genomic targets has been yielded. Genome occupancy profiles in RPE and neural retina suggest different Otx2 functions. In the neural retina, Otx2 genome occupancy profile is very close to the one of its paralogue Crx, indicating functional redundancy between both transcription factors. We hypothesized that a different combination of protein partners allows modulating Otx2 action by selecting distinct target genes. To identify Otx2 combinatory in vivo and correlate it to Otx2 functions, we produced a mouse line expressing an Otx2-TAP-tag fusion protein at physiological level. This tool will allow purification of Otx2 protein complexes in vivo and their identification by proteomic analysis.

Résumé : Pour comprendre comment les gènes du développement exercent de multiples fonctions temporelles, nous prenons comme modèle le facteur de transcription Otx2. Celui-ci est impliqué dans la gastrulation, le développement de l’œil, du système olfactif, de la glande pinéale, du thalamus et de la région cranio-faciale. Dans la rétine adulte, deux tissus distincts expriment Otx2 : l’épithélium pigmenté RPE et la rétine neurale, contenant les photorécepteurs. L’ablation globale du gène Otx2 entraîne la dégénérescence exclusive des photorécepteurs alors qu’elle modifie l’expression de gènes surtout dans le RPE. Ces faits suggèrent un mécanisme non autonome, confirmé par des expériences de gain et perte de fonction restreintes au RPE. Pour approcher les fonctions de la protéine Otx2 dans la rétine neurale et le RPE, une étude à grande échelle de ses cibles génomiques a été menée. Les profils distincts d’occupation du génome du RPE et de la rétine neurale suggèrent des fonctions différentes d’Otx2. Dans la rétine neurale, ce profil est très proche de celui du facteur paralogue Crx, indiquant une redondance fonctionnelle entre Otx2 et Crx. Nous avons émis l’hypothèse qu’une combinatoire de partenaires protéiques différents permet de moduler l’action d’Otx2 en sélectionnant des cibles génomiques distinctes. Pour identifier cette combinatoire in vivo et la corréler aux fonctions exercées par Otx2, nous avons créé une lignée de souris exprimant une protéine de fusion Otx2-TAP-tag à un niveau physiologique. Cet outil permettra la purification des complexes protéiques Otx2 in vivo et leur identification par analyse protéomique.

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Keywords : Retina Protein complexes

Mots-clés : Otx2 Rétine ChIP-seq Transcriptome Complexes protéiques





Autor: Alexander Samuel -

Fuente: https://hal.archives-ouvertes.fr/



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