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1 MSME - Laboratoire de Modélisation et Simulation Multi Echelle

Abstract : The main goal of this work is to examine the capabilities of M05-2X, M05-2X+D3, PBE0, PBE0+D3, PBE, PBE+D3 and M11 functionals with and without inclusion of D3 dispersion correction for the accurate description of medium sized organometallic compounds and therefore their use for the determination of study of the equilibrium structure, the stability, the spectroscopy and the chemical bonding covalent, charge transfer and van der Waals of Znq+Im q = 0,1,2 complexes. This is done through close comparisons of the results obtained by the M05-2X, M05-2X+D3, PBE0, PBE0+D3, PBE, PBE+D3, M11 functionals with and without inclusion of D3 dispersion correction and those from the standard RMP2 and RCCSDT and explicitly correlated ab initio methods RCCSDT-F12 and RMP2-F12. Therefore, we definitely establish that M05-2X+D3 and PBE0+D3 in connection with the 6-311++Gd,p basis set are the methods of choice for the accurate description of medium sized organometallic compounds. This is illustrated through a systematic study of Zn+qIm of q=0, 1, 2 complexes which play crucial roles in chemical, biological and industrial domains. Through these comparisons, we show that the results obtained at the M05-2X, M05-2X+D3, PBE0, PBE0+D3, PBE, PBE+D3, M11 levels are in good agreement with those explicitly correlated RMP2-F12 and RCCSDT-F12 methods. Through these comparisons, our study establishes the ability and reliability of M05-2X+D3 functional for the accurate description of covalent and noncovalent interactions between Znq+ and Im since it leads to close agreement with the large ab initio techniques. PBE0 and M11 may be used also for that purposes. Then, we used high performance M05-2X and PBE0 functionals with and without inclusion of D3 dispersion correction in connection along with the 6-311++Gd,p basis set to study the equilibrium structure, the stability, the spectroscopy and the chemical bonding covalent, charge transfer and van der Waals of Znq+Imn q = 0, 1, 2, n = 1−4 complexes. This work, at the microscopic level, is useful for understanding the structural and bonding occurring in naturally zinc-binding sites and to figure out the behavior of much more complex biological systems. This should help for designing new zinc-binding proteins and more generally new metal sites in known proteins or ZIFs. The structural backbone of ZIFs is constructed from tetrahedral units formed by one bivalent metal ion M2+ = Zn2+-Co2+ and four imidazolate anions. Such compounds present a well-established structural topology with a large structural diversity. They exhibit a high porosity which is potentially used for gas storage and separation techniques.Such quantities at the microscopic level are needed to deduce the macroscopic and thermochemical properties of these compounds with good accuracy after incorporation into dynamical simulations

Résumé : Le but de ce travail est d-examiner la capacité des fonctionnelles M05-2X, M05-2X+D3, PBE0, PBE0+D3, PBE, PBE+D3 et M11 avec ou sans inclusion de la correction de dispersion de Grimme D3 pour la description précise et simultanée des complexes organométalliques de taille moyenne et leur utilisation dans l’étude de la structure d’équilibre, la stabilité, la spectroscopie et la liaison chimique covalente, transfert de charge et Van der Waals vdWs. Ceci a été fait par une comparaison directe des résultats obtenus par ces fonctionnelles avec ou sans inclusion de la correction de dispersion de Grimme D3 et ceux issus des méthodes explicitement corrélées RCCSDT-F12 et RMP2-F12. Nous avons démontré que les fonctionnelles M05-2X+D3 et PBE0+D3 en connection avec la base 6-311++Gd,p sont les fonctionnelles de choix. Ceci a été illustré à travers une étude systématique des complexes Zn+qIm q=0, 1,2 qui jouent un rôle important en chimie, en biologie, en environnement et en industrie. Pour les complexes Zn+qIm q=0, 1, 2, nous avons comparé les résultats obtenus aux niveaux M05-2X, M05-2X+D3, PBE0, PBE0+D3, PBE, PBE+D3, M11 et ceux issus des méthodes explicitement corrélées RCCSDT-F12 et RMP2-F12. A travers ces comparaisons, nous avons établi que la capacité et la fiabilité de la fonctionnelle M05-2X+D3 pour la décrire précisément les interactions covalentes et non-covalentes entre Znq+ et Im car elle donne des résultats en excellent accord avec ceux issus des méthodes ab initio hautement corrélées. Les fonctionnelles PBE0 et M11 peuvent être aussi utilisées pour les applications.Par la suite, nous allons profiter de la haute performance des fonctionnelles M05-2X et PBE0 avec ou sans inclusion de la correction de dispersion de Grimme D3 en connection avec la base 6-311++Gd,p pour étudier la structure d’équilibre, la stabilité, la spectroscopie et la liaison chimique covalente, transfert de charge et van der Waals vdWs des complexes Znq+Imn q = 0, 1, 2 ; n = 1–4. Ce travail à l’échelle microscopique, est utile pour comprendre la structure et la liaison se produisant dans les sites actifs contenant du zinc dans des systèmes biologiques e.g. protéines. De plus, nos résultats peuvent être utilisés pour la détermination des champs de force précis pour les métalloprotéines ou les ZIFs.Les structures de type zéolithe–imidazole Zeolitic–Imidazolate Frameworks ou ZIFs sont composées de molécules organiques e.g. molécules imidazoles liées entre elles par des ions métalliques bivalents M+2 e.g. M2+ = Zn+2-Co+2. Ces composés présentent une structure topologique bien stabilisée avec une large diversité de structure. Ils présentent ainsi une forte porosité qui est potentiellement utilisé dans la capture et le stockage du CO2 et dans son piégeage sélectif.Ces quantités au niveau microscopique sont nécessaires pour déduire les propriétés macroscopiques et thermochimiques de ces composés avec une bonne précision après incorporation dans des simulations dynamiques

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Keywords : Storage Microscopic Zeolit Adsorption

Mots-clés : Microscopique Zéolite Capture Surface Stockage





Autor: Karim Boussouf -

Fuente: https://hal.archives-ouvertes.fr/



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